Dans le cadre de contrats de rivière successifs, le Syndicat mixte d’aménagement de la moyenne et basse vallée de l’Ognon (SMAMBVO) et le Syndicat intercommunautaire de la Haute Vallée de l’Ognon (SIBHVO) effectuent des travaux pour rétablir la continuité écologique de cet affluent de la Saône. Si des effacements de seuils sont en cours sur la Haute Vallée, les parties basses sont contraintes par de nombreux ouvrages. Le SMAMBVO a acquis 95 % d’entre eux pour faciliter la gestion et installe des passes à poissons tout en réhabilitant des zones humides et frayères (plus de 100 ha en propriété). Une approche qui fonctionne, comme le prouve le comptage piscicole qui a permis d’identifier brochets et autres espèces migratrices. En plus des projets d’effacement de seuils sur la Haute Vallée, trois passes à poissons sont prévues jusqu’en 2021 sur les barrages de la Moyenne et Basse Vallée, ce qui permettra de décloisonner 90 kilomètres de linéaire sur les 215 de l’Ognon.