Dans le cadre de contrats de rivière successifs, le Syndicat mixte d’aménagement de la moyenne et basse vallée de l’Ognon (SMAMBVO) et le Syndicat intercommunautaire de la Haute Vallée de l’Ognon (SIBHVO) effectuent des travaux pour rétablir la continuité écologique de cet affluent de la Saône. Si des effacements de seuils sont en cours sur la Haute Vallée, les parties basses sont contraintes par de nombreux ouvrages. Le SMAMBVO a acquis 95 % d’entre eux pour faciliter la gestion et installe des passes à poissons tout en réhabilitant des zones humides et frayères (plus de 100 ha en propriété). Une approche qui fonctionne, comme le prouve le comptage piscicole qui a permis d’identifier brochets et autres espèces migratrices. En plus des projets d’effacement de seuils sur la Haute Vallée, trois passes à poissons sont prévues jusqu’en 2021 sur les barrages de la Moyenne et Basse Vallée, ce qui permettra de décloisonner 90 kilomètres de linéaire sur les 215 de l’Ognon.

Dans le cadre de son partenariat renouvelé avec l’agence de l’eau, la Fédération départementale des chasseurs du Jura élabore un plan de gestion du site de Chambly, zone humide à fort potentiel écologique et haut lieu touristique du Jura, avec notamment la très fréquentée vallée du Hérisson et ses cascades. La priorité a été donnée à l’étude de l’hydrosystème, complexe du fait de l’imbrication du lac, d’un marais, d’un cours d’eau et de nombreuses exsurgences karstiques, afin de définir les actions de restauration.