Dans sa volonté d’améliorer la qualité de l’eau sur le bassin versant de l’Ognon, Avilley a bénéficié de la combinaison de deux projets issus du contrat de rivière Ognon et du contrat "Zone de Revitalisation Rurale" de la Communauté de communes des 2 vallées vertes. Depuis l’année dernière, ce village doubien de 160 âmes est doté d’une station de traitement, de type filtres plantés de roseaux, d’une capacité de 200 équivalents-habitants. Sa construction s’est accompagnée de la rénovation du réseau d’assainissement.
Le Crenu, affluent de l’Ognon, a fait également l’objet d’un programme de réhabilitation mené par le Syndicat mixte d’aménagement de la moyenne et basse vallée de l’Ognon sur 800 mètres au niveau de sa confluence. Les travaux ont consisté à restaurer le tracé originel de la rivière par le reméandrage de son lit, puis à effacer le seuil situé au milieu du village. Ces travaux ont été couplés à une recharge en sédiments. Le tout dans l’objectif de diversifier les habitats et de permettre une amélioration de la continuité écologique avec une augmentation de la hauteur d’eau du cours d’eau en période d’étiage.

Très difficile à éradiquer, le myriophylle hétérophylle est une espèce envahissante, qui se propage dans les voies d’eau, et de façon plus récente dans la Saône, menaçant au passage d’asphyxie les autres espèces végétales et ralentissant la navigation. Plus les tiges de cette plante vivace sont coupées, plus vite elles repoussent. Jusqu’à 30 centimètres par semaine !
La gare d’eau de Saint-Jean de Losne (21) est particulièrement colonisée par cette espèce venue des États-Unis. Menée par VNF avec le soutien de l'Université de Lorraine et le financement de l’agence de l’eau, une expérimentation vise à tester des techniques pour stopper le développement de la plante. "Nous combinons l’épandage dans le port d’un mélange de micro-organismes, qui assimilent les éléments nutritifs nécessaires à la plante, et d’un inhibiteur de photosynthèse, explique Karine Pascale, responsable environnement VNF. Bien entendu, nous avons veillé à ce que ce mélange ne porte pas atteinte à la faune. Nous avons également installé trois rideaux de bulles isolant la gare d’eau afin de limiter la dispersion des boutures et de réduire l’apport de nutriments en provenance de la Saône".